ベルリン日独センターはドイツ民法に基づく公益財団です。運営機関は全体理事会および評議会からなります。いずれも日独同人数の構成で、毎年ドイツと日本において交互に会合を開いています。両会の会合に先立ちベルリン日独センター予算にかかわる日独政府間協議が開催されます。
ベルリン日独センター全体理事会
| 総裁 | 中根 猛、日本国外務省科学技術協力担当大使 元駐ドイツ日本国大使、東京 |
| 副総裁 | ヴェルナー・パシャ（Prof. em. Dr.） デュースブルク・エッセン大学東アジア経済学部日本韓国講座、 名誉教授 デュースブルク・エッセン大学東アジアイノベーション先端科学 研究所およびメルカトルビジネススクール、デュースブルク |
| 事務総長 | ユリア・ミュンヒ（Dr.） |
| 副事務総長 | 清田とき子 |
| その他の理事 | ミヒャエル・ミュラー、ベルリン市長（ベルリン 州首相） ベルリン州首相府学術研究部門統括、ベルリン 柳 秀直 、駐ドイツ日本国大使、ベルリン ミゲル・ベルガー、ドイツ連邦外務省事務次官、ベルリン 田口精一郎、日本国外務省欧州局中・東欧課長、東京 |
（2021年１月１日現在）
ベルリン日独センター評議会
| 議長 | ゲルハルト・ヴィースホイ、パートナー 株式会社 B・メッツラー・ゼール・ゾーン＆ Co. ホールディング フランクフルト |
| 副議長 | 森 雅彦 （Dr.-Ing.）、DMG森精機株式会社代表取締役社長、名古屋 |
| 日本側評議員 |
縣公一郎（Prof. Dr.）、早稲田大学政治経済学術院教授、東京 秋葉剛男、日本国外務省事務次官、東京 安西祐一郎、独立行政法人日本学術振興会顧問 岩間陽子（Prof. Dr.）、政策研究大学院大学教授、東京 喜田哲弘、T&Dホールディングス顧問 前みち子（Prof. i. R. Dr. Dr. hc.） 三好範英、読売新聞編集委員、東京 大河原昭夫、公益財団法人日本国際交流センター理事長、東京 高橋陽子、公益社団法人日本フィランソロピー協会理事長、東京 武内紀子、株式会社コングレ代表取締役社長、東京 梅本和義、独立行政法人国際交流基金理事長、東京 |
| ドイツ側評議員 |
ヨハネス・エーベルト ゲジーネ・フォリヤンティ＝ヨースト（Prof. Dr.） ウーテ・クラマー（Prof. Dr.） ゲルダ・モイヤー ユリア・シュニッツラー クラウス・ゼムリンガー（Prof. Dr.） ゲレオン・ジーヴァニッヒ（Prof.） ザビーネ・シュトリッカ＝ケレラ（Dr.） マーグレト・ヴィンタマンテル（Prof. Dr.） トーマス・ヴィッティ、外国法事務弁護士、アーキス外国法共同事業 |
（2021年１月１日現在）