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ベルリン日独センターはドイツ民法に基づく公益財団です。運営機関は全体理事会および評議会からなります。いずれも日独同人数の構成で、毎年ドイツと日本において交互に会合を開いています。両会の会合に先立ちベルリン日独センター予算にかかわる日独政府間協議が開催されます。

ベルリン日独センター全体理事会
総裁 | 八木毅 前駐ドイツ日本国大使 |
副総裁 | ヴェレーナ・ブレヒンガー=タルコット(Prof. Dr.) |
事務総長 | ユリア・ミュンヒ(Dr.) |
副事務総長 | 松本健志 |
その他の理事 | イナ・チボラ(Dr.)、ベルリン州学術・保健・ケア(看護と介護)担当大臣、ベルリン 志野光子、駐ドイツ日本国大使、ベルリン |
(2025年1月28日現在)

ベルリン日独センター評議会
議長 | ゲアハルト・ヴィースホイ、代表取締役社長 |
副議長 | 森 雅彦 (Dr.-Ing.)、DMG森精機株式会社取締役社長、東京 |
日本側評議員 | 縣公一郎(Prof. Dr.)、早稲田大学政治経済学術院教授、東京 船越健裕、日本国外務省事務次官、東京 岩間陽子(Prof. Dr.)、政策研究大学院大学教授、東京 狩野功、公益財団法人日本国際交流センター理事長、東京 喜田哲弘、大同生命保険株式会社名誉顧問、東京 黒澤信也、独立行政法人国際交流基金理事長、東京 前みち子(Prof. Dr. Dr. h.c.) 三好範英、ジャーナリスト、東京 高橋陽子、公益社団法人日本フィランソロピー協会理事長、東京 田邊玲子(Prof. em. Dr.)、京都大学名誉教授 |
ドイツ側評議員 | ヨハネス・エーベルト ゲジーネ・フォリヤンティ=ヨースト(Prof. Dr.) アンケ・カイザー=ピッツァーラ(Prof. Dr.-Ing.)、 ウーテ・クラマー(Prof. Dr.) ゲルダ・モイヤー ユリア・シュニッツラー クラウス・ゼムリンガー(Prof. Dr.) ゲレオン・ジーヴァニッヒ(Prof.) ペトラ・ジグムント ザビーネ・シュトリッカ=ケレラ(Dr.) トーマス・ヴィッティ、外国法事務弁護士、アーキス外国法共同事業 |
(2025年1月28日現在)